ατά την διάρκεια των Κλασικών χρόνων Αιολείς αποικίζουν το νησί της Σαμοθράκης και χτίζουν το Ιερό των Μεγάλων Θεών. Επιπλέον, η περίοδος αυτή χαρακτηρίζεται από την συγκρότηση οργανωμένων οικισμών στα νότια παράλια του νομού, που δημιουργείται η Πόλη-Κράτος της Σαμοθράκης για να ενισχύσει τις εμπορικές επαφές της με τη Θρακική ενδοχώρα. Πιό γνωστή από αυτές τις μικρές πόλεις, που απάρτιζαν τη Σαμοθρακική Περαία, είναι η Μεσημβρία-Ζώνη. ργανώνεται η επικοινωνία με το εσωτερικό της Θράκης κυρίως μέσω του ποταμού Έβρου αλλά και μέσω του χερσαίου δρόμου που περνά δίπλα από την δυτική όχθη του ποταμού. Σημαντικός αριθμός από ταφικούς τύμβους στο βόρειο τμήμα του νομού πιστοποιεί μεγάλη κινητικότητα αυτή την εποχή. Το 46 μ.Χ. η Θράκη εντάσσεται στο Ρωμαϊκό κράτος.