ρίσκεται δίπλα στην Μητρόπολη και στεγάζεται στο κτίριο της πρώην Λεονταριδείου Σχολής. Φιλοξενεί εκθέματα στενά δεμένα με την εκκλησιαστική και θρησκευτική ιστορία του νομού. Μερικά απο αυτά είναι: τμήμα της ταφικής μαρμάρινης πλάκας του Σεβαστοκράτορα Ισαάκιου Κομνηνού, μεταβυζαντινές εικόνες από την Αίνο, ιερά σκεύη, άμφια, ξυλόγλυπτα, ιστορικά έγγραφα από την Ανατολική και Βόρεια Θράκη, όπως και το πρωτότυπο πρωτόκολλο των Ελευθερίων της Πόλεως. Σε ειδική αίθουσα εκτίθενται και αντικείμενα λαογραφικά της ευρύτερης περιοχής μας.